Lo primero que Link vio nada más entrar fue una telaraña tapando un hoyo en el suelo del tronco principal. Había unas plantas carnívoras cerca de ahí y unas repisas pegadas a las paredes hasta llegar a unos pisos superiores. Lo primero que hizo Link fue matar a las plantas carnívoras, y se percató de que éstas eran diferentes a las del sendero, pues éstas atacaban y en lugar de darle un palo, le dieron unas nueces, llamadas deku también que servían para aturdir enemigos.
Justo a la izquierda de la entrada estaba una escalera de mano (lo cual le pareció muy extraño que estuviera dentro del árbol) para llegar a la repisa superior. La subió y comenzó a caminar ascendiendo por la repisa hasta que ésta se acabó, pero que continuaba un poco más allá, y en medio de las dos había una protuberancia para llegar de una a otra. Y justamente en la otra había unas lianas para subir directamente a ésa. Sin ponerle mucha atención a eso (porque él eligió la escalera de mano) siguió ascendiendo por la segunda repisa.
Llegó a una parte donde había más lianas, puesto que la repisa sólo llegaba a un nivel más arriba. Y a pie de las lianas había un cofre. Link lo abrió y descubrió un mapa, y al verlo vio que era del Gran Árbol Deku y todas sus habitaciones.
Al descifrarlo vio que la entrada obviamente estaba en la Planta Baja y donde ahora se encontraba era el Piso 1, y al suroeste de donde estaba había más habitaciones, por lo que decidió dirigirse hacia allá. Saltó un pedazo de repisa faltante y llegó a una puerta de metal (más extraño aún que la escalera de mano) y la abrió.
Al entrar, la puerta se cerró del golpe y unos barrotes salieron tras ella. Link se percató que debió ser por un matorral que había delante de él, en el centro de la habitación, y del cual surgió un monstruo que le aventó una nuez, y Link, como por impulso usó el escudo para que la nuez rebotara y le diera al monstruo, el cual salió del matorral y empezó a correr por la habitación hasta que Link lo detuvo y el monstruo dijo:
—¡Ay, lo siento señor! Si te doy un consejo, ¿me dejarás ir? Si saltas de un precipicio, procura deslizarte hacia delante para no hacerte daño, aunque no puedo garantizar que funcione si es un precipicio muy alto.
Link se quedó boquiabierto mientras veía cómo el monstruo huía y los barrotes de la puerta y de otra que no había visto se quitaban. Link entró por ésta última y llegó a una habitación un tanto oscura, con un piso inferior, un piso superior y el piso en el que estaba Link, además de unas lianas para llegar al piso superior y una plataforma flotante justo enfrente de Link para que llegara también al piso superior.
Link decidió usar las lianas, es decir, bajar al piso inferior y subir para después sólo saltar y volver a la habitación del tronco principal. En el piso superior, en el centro, había un cofre que contenía la Resortera de las Hadas, lo cual le pareció muy divertido porque a él le encantaban. A la izquierda del cofre había otro piso superior y unas lianas para subir. Arriba, Link vio un cofre más pequeño que tenía un corazón para restaurar vida, pues así se medía la salud en Hyrule.
Link ya se preparaba para saltar a la plataforma, cuando Navi le habló para decirle que una escalera vieja colgaba del techo justo donde estaba el piso que llegaba a la puerta. Link decidió estrenar su resortera apuntando a la escalera para hacerla caer y lo logró con éxito, pero aún así decidió saltar a la plataforma, la cual se comenzó a tambalear y Link se apresuró para llegar a la puerta. Recorrió la habitación donde estaba el matorral y llegó a la habitación principal.
Link, al no saber qué hacer, bajó a la Planta Baja y se fijó en la telaraña que colgaba del hoyo y miró hacia abajo... Había agua. Navi le dijo que tal vez lo que estuviera causando la maldición del Gran Árbol Deku debía estar abajo, así que tenían que cortar la telaraña, pero Link no podía porque era muy grande y se tomaría mucho tiempo en hacerlo.
Entonces se le ocurrió una gran idea: subir a la protuberancia entre las dos repisas y saltar desde ahí. Así lo hizo, pero la telaraña sólo se hundió unos centímetros y regresó a su posición original. Link miró hacia arriba, pero sólo vio más telarañas y entonces se acordó de las lianas en cuya base estaba el cofre del mapa, así que volvió a subir hasta allí y vio algo que no había visto cuando tomó el mapa: unas arañas más grandes de lo normal pegadas a las lianas.
Link decidió matarlas con la Resortera y funcionó y unas arañas le dieron como recompensa unas semillas como las que venían con la Resortera para seguir disparando. Así pues, Link comenzó a subir y, para su sorpresa, llegó a una repisa que circulaba el tronco, y las telarañas iban desde ahí hasta el techo; además había unos huecos, perfectos para saltar desde ahí a la telaraña del hoyo y por fin romperla. Sin embargo, en esos huecos había más arañas, y como unas cinco veces más grandes que las anteriores, que básicamente no hacían nada, sólo se daban la vuelta.
Link quiso atacarlas, pero no pudo, porque la coraza era muy resistente, así que lo hizo pero en su panza y así las mató. Estaba a punto de saltar del hueco cuando Navi lo paró en seco para decirle que revisara el mapa para ver si no se pasaba algo por alto, y así era. Al oeste de la sala principal en el Piso 2 había una sala con forma de óvalo. Link se dirigió a esa sala y cuando entró, nuevamente la puerta se cerró de golpe con unos barrotes tras ella.
Adentro, había, como en la sala de la Resortera, un piso inferior, y dos superiores, uno más al oeste y otro al sur, y claro, en el que Link estaba, en el cual había dos antorchas, sólo una encendida y un interruptor amarillo pegado al suelo (Link empezaba a creer que el Gran Árbol Deku debía tener un apetito voraz.
Link accionó el interruptor y entonces tres plataformas surgieron del suelo del piso inferior exactamente para llegar a los otros pisos, en los cuales había cofres. En el del sur había otro corazón, y en el del oeste había una Brújula, que, junto con el mapa, marcaban la ubicación de varios elementos ocultos en el Gran Árbol Deku.
Link regresó al piso de las antorchas y el interruptor gracias a unas lianas que había allí, pero la puerta seguía sin abrirse, así que Link supuso que debía encender la antorcha faltante, así que usó un Palo Deku para encenderlo gracias a la otra antorcha y así encendió la antorcha faltante y se abrió la puerta.
De regreso en la sala principal, Link eligió un hueco y, recordando lo que le había dicho el monstruo del matorral, se aventó hacia la telaraña y efectivamente se rompió, haciendo que Link bajara a una habitación con agua y diversas cosas, la cual debía estar en las raíces del Gran Árbol Deku. Esta sala tenía agua que salía por lo que parecía ser drenaje, aunque se veía que estaba muy limpia, por lo que a Link no le dio asco.
Nada más caer, al norte y al sur había tierra firme a la que Link podía llegar. Al oeste también, pero estaba más alto y Link no podía subir; y al este estaba una enredadera para subir a la habitación principal.
Primero, Link subió a la tierra firme del norte y vio un interruptor, una antorcha y una telaraña tapando ésta última. Link accionó el interruptor y la antorcha se prendió, quemando la telaraña. Desde ahí se veía que al sur había otra telaraña y una puerta detrás, así que Link tomó un Palo Deku, lo encendió con la antorcha y se dirigió al sur, cuidando que al saltar al agua no se le apagara y quemó la telaraña e inmediatamente entró por la puerta.
En la siguiente habitación nuevamente había un matorral y cuando Link se acercó salió otro monstruo. Repitiendo el ataque anterior, el matorral le dijo:
—¡Discúlpame! ¡No lo volveré a hacer! Si me perdonas, te enseñaré algo útil. Pronto te enfrentarás a mis hermanos. ¡No podrás vencerlos a menos que los golpees en el orden correcto! Ese orden es... 2, 3, 1... ¡Veintitrés es el número uno! ¿Acaso seré un traidor? —y el monstruo huyó.
Link creyó que la puerta que no había visto con barrotes se abriría, pero no lo hizo y encima de ésta había un rombo con un ojo en medio. Link supuso que debía cerrar ese ojo para poder continuar, así que sacó la Resortera y le dio al ojo, el cual se cerró y en efecto, se quitaron los barrotes y Link continuó.
En la siguiente sala también había agua que parecía que viniera de drenaje, una puerta al otro lado de la sala, una plataforma viniendo de allá para acá en el agua y un tubo con espinas justo en el centro del espacio con agua. Link subió a la plataforma, pero pronto se aventó al agua al ver que se iba a lastimar con el tubo y entonces vio un interruptor en el fondo del agua.
Link no sabía bucear muy bien, pero lo intentó y accionó el interruptor, haciendo que el nivel del agua bajara un poco, lo suficiente para poder cruzar el agua en la plataforma sin lastimarse con el tubo. Cuando llegó a la otra orilla, la puerta estaba en un nivel superior, pero había un bloque cercano para poder empujarlo a la pared, subir en él y llegar a la puerta.
Sin embargo, una araña de coraza resistente (las cuales Navi dijo que se llamaban Skulltulas), le tapaba el paso, así que esperó a que se diera la vuelta y la atacó en la panza. Una vez muerta, Link empujó el bloque, subió y entró en la siguiente habitación. Ni siquiera se percató de que el agua había vuelto a su nivel normal.
Cuando llegó a la habitación, la puerta se cerró con barrotes. Había plantas carnívoras, de las que atacaban y no (a este paso, Navi estaba recordando los nombres de todos estos enemigos, y se los decía a Link, en este caso, las plantas se llamaban Baba Deku). Link las mató a todas y miró detenidamente la habitación. Había otra puerta con barrotes y tres antorchas, una encendida como si fuera de un templo y otras no encendidas y normales. Usó un Palo Deku para encender las que no lo estaban y las puertas se abrieron y Link continuó a la siguiente habitación.
La siguiente sala empezaba con un pasillo y era más grande. Al terminar el pasillo había una Skulltula ya volteada, por lo que Link le dio el golpe en la panza antes de que se diera la vuelta. A simple vista no había nada nuevo en la sala, sólo una Baba Deku inactiva en un lado, una antorcha encendida en otro, una telaraña en otro con una Baba Deku activa atrás y una pared de piedra atrás y en otro lado, otro pasillo. Link se dirigió al centro de la sala y entonces cayeron unos huevos muy extraños. Eran de color rojo con blanco y se repente se abrieron mostrando unos monstruos súper extraños llamados Larvas Gohma con un solo ojo de color aguamarina, el cual se tornaba rojo para atacar.
A Link sólo le tomó un espadazo para acabar con ellos. También eliminó a las Babas Deku y, como no podía cruzar el bloque de piedra, el cual se veía muy extraño, se dirigió al pasillo opuesto del que salió y había otra telaraña. Usó un Palo Deku para encenderlo y quemar la antorcha y se fijó en un túnel que había detrás. Lo cruzó y llegó a la habitación de la que había caído tras romper la telaraña del tronco principal, pero esta vez estaba en la tierra firme a la que no podía llegar.
Link sacó el mapa y en efecto, todas las habitaciones que había recorrido hacían que regresara a la principal pero en el piso superior (también se fijó que detrás de la pared de piedra anterior había una habitación, pero no la tomó en cuenta). En ese piso superior había otra telaraña en el suelo, varias antorchas en las esquinas y un bloque igual al de la sala con agua.
Como Link no podía saltar desde más alto como antes debido a que había techo encima de la telaraña, también podría quemarla, pero las antorchas estaban muy altas para que Link encendiera un Palo Deku, de modo que se le ocurrió una idea: empujó el bloque hacia el agua, el cual cayó sin que el agua lo tapara del todo, tomó un Palo Deku y lo encendió con la misma antorcha que se encendió cuando accionó el interruptor y, antes de que se apagara, saltó al, subió al piso superior y encendió la telaraña del suelo y sin más, se aventó.
Nuevamente cayó en agua, pero ahora sí parecía limpia pura y no de drenaje. Al llegar a tierra firme, Link vio tres matorrales y supuso que eran los que le había dicho el anterior, así que hizo el mismo ataque pero en el orden que le había dicho: primero al de en medio, después al de la derecha y al último el de la izquierda, el cual salió despavorido de su matorral y dijo:
—¡¿Cómo has sabido nuestro secreto ?! ¡Qué rabia! ¡Estoy tan enojado que te voy a revelar el secreto de la reina Gohma! Si quieres vencerla, intenta golpear su ojo con tu espada mientras esté aturdida. ¡Oh no! Querida reina ... ¡Lo siento mucho! - y se fue.
Había una puerta con barrotes entre el primer y el segundo matorral, la cual se abrió.