La cueva sí que era oscura, aunque no tanto, porque podía ver perfectamente una grieta en la pared de enfrente y dos flores bomba a los lados. Link tomó una flor bomba y la lanzó a la grieta, suponiendo que ésta se rompería mostrando más camino, y en efecto, se rompió y Link llegó a lo que parecía ser la sala principal, que era muy grande. Tenía dos puentes en el piso superior, uno al norte y otro al sur. Había dos repisas a los lados oeste y este de la sala, en el piso inferior, y lo que más llamaba la atención era una plataforma al centro rodeada en el suelo por lava seca y además tres plataformas que subían y bajaban para llegar a la plataforma del centro desde las dos repisas y desde donde estaba Link, en el sur. También al fondo, debajo del puente y atrás de la plataforma del centro había una gran cabeza de piedra con forma de dragón.
Link se dirigió a la plataforma del centro y vio a un enemigo con forma de estatua, la cual tenía un ojo en la cabeza que giraba y en la panza tenía una boca mostrando los dientes maléficamente. Navi dijo que esa estatua se llamaba Beamos y que lanzaba un rayo por el ojo, además de que no les gustaba humo en el mismo. Link supuso que debía aventarle una flor bomba, pero como no había por ahí, se dirigió a la repisa oeste.
Ahí había tres espacios para entrar a salas, separados por dos pilares. El primero (el de el fondo), tenía una puerta con barrotes; el segundo (el de en medio), era otra grieta en la pared; y el tercero no tenía nada, se podía pasar normalmente.
En el pilar del fondo había una flor bomba y en el otro un Beamos. Link trató de usar la flor con el Beamos y con éxito la cabeza se salió de la estatua y en unos segundos explotaron la cabeza y la panza.
Acto seguido, Link decidió ir primero al espacio sin nada y vio otro matorral, y ya se estaba preparando con el escudo cuando vio que el monstruo era diferente, de nuevo era verde, pero su cuerpo era café y no se veía tan malvado como los otros. Aún así lanzaba nueces y Link usó el escudo para devolverle el ataque. Cuando lo hizo el monstruo salió y trató de venderle un escudo Deku a Link, pero como éste ya tenía uno, el monstruo se volvió a meter.
Link se quedó algo desconcertado ante eso, pero siguió con el espacio de en medio, en el cual usó de nuevo la flor bomba. Cuando explotó, Link descubrió un cofre, lo abrió y descubrió un mapa, como el que había descubierto en el Gran Árbol Deku, pero ésta vez había más habitaciones. Supuso que se trataba del mapa de la Cueva de los Dodongos.
Como el otro espacio tenía puerta con barrotes, Link decidió ir hacia la repisa este. En ésta otra también había tres espacios. El primero y el tercero tenían una grieta, y al segundo no se podía llegar, pues estaba muy alto para Link. Y como en la repisa opuesta había un Beamos en un pilar, pero esta vez la flor bomba estaba en el centro.
Link usó la flor bomba contra el Beamos y las grietas. En la primera había una piedra con un símbolo extraño que sentía que ya había visto antes. Navi le dijo que sentía como si quisiera decirles algo y que había un hada escondida en ella. Como Link no podía hacer nada de momento, decidió continuar. Cuando explotó la otra grieta, se abrió un pasillo ante él y siguió avanzando.
La siguiente habitación tenía tablas de madera en las paredes y seguía a modo de pasillo, pero curveándose. Mientras Link avanzaba se acercaron unos monstruos parecidos a lagartos. Navi le dijo que había encontrado a unos minidodongos. Bastó un golpe con la espada para que éstos se dieran la vuelta y segundos después explotaran. Un poco más adelante había otra grieta, pero no había flores bomba cerca, aunque sí aparecieron otros minidodongos y entonces se le ocurrió una idea: los usó para que, al matarlos, explotaran en la grieta. Así lo hizo y la grieta se abrió, mostrando al fondo una puerta.
En la habitación contigua, había una antorcha al centro y unos enemigos atrás, pero en lugar de matarlos, Link decidió regresar y dejarlos ahí. Siguió caminando por la habitación en forma de pasillo y llegó a un sitio donde había una puerta con barrotes, una plataforma para llegar a ella, a los lados de ésta estatuas como de guardias y enfrente de la plataforma un interruptor, pero diferente a los que hasta ése momento había visto. Los demás eran amarillos, pero éste era azul.
Link decidió accionarlo y los barrotes de la puerta se quitaron, pero en cuanto Link se quitó los barrotes volvieron a aparecer. Supuso que debía estar todo el tiempo en el interruptor para poder pasar, pero era imposible hacerlo, aunque miró las estatuas y se le ocurrió otra idea: empujó una de las dos al interruptor. Al accionarlo, los barrotes se quitaron y así pudo pasar.
Llegó a un pasillo con algunos Keese, pero no les hizo caso y continuó por la puerta del final, la cual, al entrar Link en la siguiente sala, se cerró con barrotes y Link vio que la sala tenía muchas plataformas en un lago de lava seca, con un pilar al centro. Realmente hacía calor. Unos monstruos parecidos a lagartos, llamados Lizalfos aparecieron. Iban con armadura y espada, lo cual le pareció muy extraño a Link, puesto que eran animales.
Usando muy bien el escudo y la espada pudo derrotarlos, y así continuó por la puerta opuesta a la que salió. Llegó a un pasillo que al principio curveaba a la izquierda y en la curva había una grieta. Opuestamente al ambiente de la habitación anterior, ésa habitación era muy fría y tenía un color azul (la otra lo tenía rojo, por la lava).
Cuando Link recorrió el pasillo llegó a una sala más grande, con varios pilares, flores bomba al principio y unos lagartos con armadura más grandes que se parecían a los minidodongos. Al acercarse, Navi le dijo que ésos eran los famosos dodongos y que tuviera cuidado con su aliento de fuego. Link, como no podía atacarlo de frente ni en el lomo, decidió hacerlo en la cola, cosa que hacía que los dodongos dieran vueltas antes de volver a atacar.
Unos espadazos bastaron para que los dodongos cayeran rendidos y, al igual que los minidodongos, explotaran al cabo de unos segundos. Link creyó que al derrotarlos, la puerta con barrotes que estaba al final se abriría, pero no fue así. Entonces se percató de las antorchas no encendidas que no había visto, pero una sí lo estaba, al principio de la sala. Se dirigió allí y vio las flores bomba y recordó la grieta del pasillo. Fue hacia ella con una flor y la explotó. Apareció una puerta detrás y, al entrar en ésa sala vio otro matorral que, al derrotarlo, trató de venderle Palos Deku, pero Link ya tenía los suficientes, de modo que el matorral desapareció bajo tierra.
Link regresó a la otra sala y, con ayuda de un Palo Deku, encendió las antorchas faltantes y la puerta del final se abrió. Al mirar el mapa se dio cuenta de que estaba en un pasillo de la habitación principal, la de la cabeza de dragón, pero en el espacio de la repisa este al que no podía llegar y en el que había un interruptor, ésta vez amarillo.
Link lo accionó y la puerta con barrotes de la repisa oeste se abrió, así que Link se dirigió hacia allá y entró. La siguiente sala empezaba con un pasillo y se abrió a una sala cuadrada con lo que parecía ser una escalera ancha, pero a la que no se podía llegar, en el centro. Circulando la escalera había flores bomba y enfrente de ésta una grieta y otra flor bomba a la izquierda. Para no quedarse con la duda, Link explotó la grieta y entró por la puerta que había detrás.
Inmediatamente la puerta se cerró con barrotes, pero Link no vio enemigos, sólo tres estatuas al lado opuesto de la sala, iguales a las de los guardias con los que accionó el interruptor azul, y un cofre escondido tras ellas. Cuando Link trató de quitar la de en medio, ésta cobró vida y empezó a atacar a Link, el cual quiso atacarlo con la espada pero no pudo. Navi dijo que se llamaba Armos y sólo con una bomba podría destruirse. Afortunadamente allí había dos flores bomba. Link tomó una y se lanzó. El Armos empezó a dar vueltas y a parpadear todo él de color rojo hasta que también explotó.
Los barrotes se quitaron y Link fue hacia el cofre, en el cual estaba la Brújula que, al igual que en el Gran Árbol Deku, revelaba la ubicación de tesoros en la mazmorra. Salió de esa sala y al ver la escalera y las flores bomba circulándola decidió poner la flor bomba que estaba aparte entre un hueco que había entre las de la escalera y cuando ésta explotó, todas explotaron con ella, haciendo que la escalera cayera hasta un punto en el que Link ahora podía subir.
Link subió y vio que el camino se bifurcaba, pero no le importó, porque los dos llegaban al lado opuesto de donde estaba él, es decir, donde estaba la grieta, pero arriba. Una vez allí vio unas enredaderas, aunque diferentes a la que había visto hasta el momento. Tenían dos arañas, una igual a las que había visto pegadas en las enredaderas detrás del cofre del mapa del Gran Árbol Deku y otra diferente pero que sentía que ya había visto en muchos otros lugares y que hasta ese momento había ignorado.
A las dos las mató con la Resortera, aunque la que era diferente le dio como recompensa un sello dorado con una calavera en él. Navi le dijo que era una Skulltula dorada y que sí había visto en ocasiones anteriores, pero no las recordaba. La otra araña se llamaba Skullwalltula.
Link continuó por la puerta, la cual se cerró con barrotes tras entrar, y llegó a una sala circular con varios Keese envueltos en llamas, otra puerta con barrotes al lado izquierdo de la sala y un pilar al centro con un interruptor amarillo encima de él y cuatro estatuas de Armos escoltando el pilar que en un lado tenía una escalera.
Primero mató a los Keese y después se aseguró que la estatua donde estaba la escalera del pilar no cobrara vida. Afortunadamente no, así que subió, accionó el interruptor y se abrieron las dos puertas. Link salió por la opuesta y llegó a la sala principal de la cueva pero en el piso superior, en uno de los puentes (el que estaba cerca de la entrada), en el cual había otros Keese en fuego. Link los mató y vio que el puente estaba hueco de la parte de en medio, de modo que saltó para llegar al otro lado y continuó por el pasillo que le seguía.
La siguiente habitación tenía dos niveles y varios pilares, algunos llegaban al techo y otros hasta cierto punto, haciendo que la sala, por el nivel inferior, tuviera muchos pasillos angostos, en los cuales, en algunos, había cuchillas, por lo que Link tuvo mucho cuidado para cruzar. Cuando llegó a un bloque de piedra junto a una escalera de mano supo que hasta ahí se terminaban los pilares, así que subió al bloque y luego la escalera, pero se encontró con que justo al subir la escalera había una grieta. Se volteó y vio un pilar al que podía subir desde allí con una flor bomba y un cofre pequeño, así que saltó al pilar, tomó la flor y la lanzó a la grieta. Ésta explotó y así Link pudo seguir, no sin antes tomar las veinte rupias que había en el cofre.
La siguiente sala también tenía dos niveles, pero no había nada importante en el inferior, sino que en el superior había tres repisas, en la que estaba Link, una en medio y otra al otro lado, para seguir. El problema era que en la de en medio había un haz de fuego. Link vio que al otro lado había un ojo, como el que vio en el Gran Árbol Deku, así que le tiró una semilla con la Resortera y el ojo se cerró, haciendo que el haz de fuego desapareciera.
Link saltó a la repisa para llegar a la siguiente y así continuar por un pasillo que tenía lo que parecían ser huesos extraños en el techo y que de vez en cuando salían del suelo algunos minidodongos. Cuando los derrotó siguió avanzando hasta una puerta, la cual se cerró con barrotes tras entrar Link.
Volvió a llegar a una sala con un lago de lava y varias plataformas, y de nuevo aparecieron dos Lizalfos que lo empezaron a atacar. Como en la ocasión anterior, usó el escudo y la espada en una buena batalla y los derrotó, haciendo que las dos puertas que había se abrieran. Antes de seguir Link vio un camino más allá de la sala y donde ya no había lava; al parecer ésta caía hacia abajo y entonces vio que la lava caía a la habitación donde había combatido antes a los otros Lizalfos, estaba en la misma sala pero arriba.
Link continuó por la puerta opuesta y llegó a una sala igual que la del haz de fuego, sólo que ahora había otra plataforma con otro haz de fuego, entonces debería haber dos ojos, pero Link sólo veía uno. Sin embargo, al cerrar uno, saltó a la primera plataforma y a su izquierda vio un hueco con el otro ojo. Lo cerró también y continuó hacia la siguiente sala, la cual era la de los varios pilares, sólo que estaba en el piso superior y en la parte norte de la sala, donde seguía el camino y, en una repisa, había un cofre grande. Link lo abrió y un Saco lleno de 20 Bombas.
Una vez con ellas en su poder, continuó por el pasillo que había tras las Bombas. Al final de éste había un interruptor amarillo que, al accionarlo hizo que una de las plataformas (la del este) de la habitación principal que estaban junto a la del centro subiera hasta el segundo piso donde estaba Link. Él estaba en el puente del fondo, encima de la cabeza de dragón y cerca de ahí había una piedra con una inscripción que decía: "Cabeza de dodongo... Cuando sus ojos se enrojezcan, se abrirá ante tu un nuevo camino".
Link supuso que se refería a la cabeza de dragón, que más bien era de dodongo, y a sus ojos, pero ¿cómo enrojecerlos? Entonces vio que el puente encima de la cabeza también tenía huecos y justo encima de los ojos de la cabeza y se le ocurrió una idea: soltar una bomba en esos huecos, a ver qué pasaba. Así lo hizo y los ojos de la cabeza en enrojecieron y la boca de la misma se abrió hasta la plataforma del centro, mostrando una puerta al fondo.
Rápidamente Link bajó por la plataforma y corrió hasta la puerta. Entró en una sala cuadrada con cuatro espacios, el en el que estaba Link, uno accesible a su derecha, uno inaccesible enfrente y otro con una puerta y barrotes a la izquierda. Al centro había un hueco con un interruptor azul, de modo que necesitaba algo para que estuviese ahí mientras entraba por la puerta (supuso que era la puerta, porque ningún otro espacio tenía nada).
Como no había otra opción más que la derecha, continuó por ahí y avanzó por un pasillo hasta que llegó a una sala con murallas que se alzaban sólo para que Link pudiera pasar por un lado específico. También había algunos Keese de fuego, pero no fueron problema. Cuando cruzó las murallas vio una grieta, así que usó una bomba para explotarla y pasar por la puerta que estaba detrás.
En esa sala había una Skulltula dorada y un Armos. Los eliminó a ambos con una bomba, tomó el sello dorado y salió de ahí. De vuelta en la sala de las murallas, Link se dio cuenta de que debía subir una muralla para poder continuar porque un bloque tapaba el único camino disponible.
Gracias a otros bloques que había antes, pudo subir y continuar. Avanzó por otro pasillo más y al final vio un bloque. Lo empujó hasta el final y vio que de nuevo estaba en la sala cuadrada, pero esta vez en donde estaba el espacio inaccesible (había avanzado en círculo). Sin perder más tiempo, empujó el bloque hasta el hueco con el interruptor azul y la puerta con barrotes se abrió.
Llegó a otra sala cuadrada y oyó algo gorgoreando. Al fondo había un cofre con más bombas. Las tomó y entonces vio una grieta en el suelo, la explotó y vio que abajo había otra sala. Procurando no hacerse daño, saltó y llegó a otra sala cuadrada con un laguito de lava al centro que abarcaba la mayor parte de la habitación. Entonces oyó un gruñido detrás de él.