Dès son plus jeune âge, Ayanokoji Kiyotaka avait une différence fondamentale avec les autres enfants, même ceux issus des meilleurs programmes d'élite. Tandis que les autres enfants étaient formés pour être de parfaits instruments de guerre, Ayanokoji observait. À l'âge de deux ans, il avait déjà une compréhension plus fine de son environnement que la plupart des adultes. Cette intelligence n'était pas le fruit d'une simple précocité, mais d'un apprentissage actif.
C'est dans un monde de douleur et d'expérimentations qu'il découvrit la possibilité de créer. À un âge où d'autres enfants jouaient ou apprenaient à lire, Ayanokoji, lui, lisait des livres techniques, des théories de sciences avancées et des grammaires magiques. Il décortiquait les schémas, analysait les informations et commença à façonner dans son esprit la capacité qui allait changer sa destinée : Raphaël.
Raphaël n'était pas une compétence donnée, mais une capacité qu'il avait conçue et forgée à partir de rien. Pour cela, il dut repousser les limites de sa propre conscience, créant une interface mentale capable d'analyser en temps réel n'importe quelle donnée et d'en tirer une compréhension immédiate. L'effort fut colossal et affaiblit son corps, mais il persista, déterminé à échapper à l'influence de l'organisation. Il savait qu'à travers Raphaël, il pourrait se donner la possibilité de s'échapper, de comprendre, et finalement de détruire ce qui l'avait fabriqué.