Die erste Phase der Mutationskatastrophe war ein unregelmäßiger Ausbruch auf dem gesamten Planeten. Es bedeutete das erste Mal, dass die Mutationsquelle ihre Kraft kontrollierte. Das erste Symptom der zweiten Phase war das gemeinsame Auftreten aller infizierten Individuen. Im Vergleich zur ersten Phase würde die Mutationsquelle nicht mehr durch die Kontrolle gewöhnlicher Individuen eingeschränkt werden. Bestimmte Elitesoldaten und schwächere Supersoldaten könnten ebenfalls Ziel ihrer Kontrolle werden. Die offensichtlichste Veränderung wäre die Tatsache, dass die infizierten Individuen nicht mehr wahllos handelten, sondern so taten, als hätten sie ein Ziel.
Das objektive Verhalten der infizierten Individuen war das erste Anzeichen dafür, dass die Mutationsquelle an Intelligenz gewann. Verglichen mit dem Chaos in der ersten Phase war die Flucht aller Flüchtlinge auf die Kontrolle der Mutationsquelle zurückzuführen.
