Pada bulan September 1939, Britania Raya memasuki Perang Dunia II yang berlangsung sampai tahun 1945. Selama periode ini, ketika London berulang kali diserang dan di bom oleh Jerman, banyak anak-anak di London yang dievakuasi. Seorang politisi senior bernama Lord Hailsham menyarankan agar kedua putri harus dievakuasi ke Kanada. Namun saran ini ditolak oleh ibu Elizabeth, yang menyatakan bahwa "Anak-anak tidak akan pergi tanpa saya. Saya tidak akan pergi tanpa Raja. Dan Raja tidak akan pernah meninggalkan Inggris". Putri Elizabeth dan Margaret tinggal di Istana Balmoral, Skotlandia, hingga hari Natal tahun 1939, kemudian mereka pindah ke Sandringham House di Norfolk. Dari bulan Februari hingga bulan Mei 1940, mereka tinggal di Royal Lodge, Windsor, setelah itu pindah lagi ke Istana Windsor. Di tempat terakhir inilah kedua putri menetap selama lima tahun berikutnya.