A relação entre o cérebro e a mente era extraordinariamente complicada e, em grande parte, não compreendida. De volta à Terra, estava claro que a mente residia dentro do cérebro e, até certo ponto, a estrutura da mente podia ser mapeada sobre a estrutura do cérebro. No entanto era muito mais difícil fazer progressos além disso. Séculos de pesquisa nos campos da neurologia, psicologia e filosofia da mente ainda tinham que desvendar as profundezas da mente humana.
Além disso, Rui possuía apenas um entendimento superficial de neurologia. Ele não estava equipado para compreender totalmente os fenômenos associados à descoberta do Caminho Marcial.
No entanto, mesmo o conhecimento superficial que ele veio a possuir permitiu-lhe fazer algumas conjecturas.
O cérebro poderia ser dividido em três seções; O cérebro, o cerebelo e a medula oblonga. O cérebro poderia ainda ser subdividido em Lobo Frontal, Lobo Temporal, Lobo Occipital e Lobo Parietal.
