Di Mesir, Amr lebih banyak memerintah sebagai mitra Muawiyah daripada sebagai bawahan sampai kematiannya pada tahun 664. Dia diizinkan untuk mempertahankan pendapatan surplus provinsi. Khalifah memerintahkan dimulainya kembali pengiriman biji-bijian dan minyak Mesir ke Madinah, mengakhiri jeda yang disebabkan oleh Fitnah Pertama. Setelah kematian Amr, saudara laki-laki Muawiyah Utbah dan sahabat awal Muhammad, Uqba bin Amir, berturut-turut menjabat sebagai gubernur sebelum Muawiyah mengangkat Maslamah bin Mukhallad Al-Ansari tahun 667. Maslamah tetap menjadi gubernur selama masa pemerintahan Muawiyah, secara signifikan memperluas Fustat dan masjidnya dan meningkatkan kepentingan kota pada tahun 674 dengan merelokasi galangan kapal utama Mesir ke Pulau Roda dari Alexandria karena kerentanannya terhadap serangan angkatan laut Bizantium.
Kehadiran Arab di Mesir sebagian besar terbatas pada garnisun pusat di Fustat dan garnisun yang lebih kecil di Alexandria. Masuknya pasukan Suriah yang dibawa oleh Amr pada tahun 658 dan pasukan Basran yang dikirim oleh Ziyad pada tahun 673 menambah jumlah garnisun Fustat yang berkekuatan 15.000 menjadi 40.000 selama pemerintahan Muawiyah. Utbah meningkatkan garnisun Alexandria menjadi 12.000 orang dan membangun kediaman gubernur di kota itu, yang penduduk Kristen Yunaninya umumnya bermusuhan dengan pemerintahan Arab. Ketika wakil Utbah di Alexandria mengeluh bahwa pasukannya tidak dapat menguasai kota, Muawiyah mengerahkan 15.000 tentara lagi dari Syria dan Madinah. Pasukan di Mesir jauh lebih tidak memberontak daripada rekan-rekan mereka di Irak, meskipun unsur-unsur dalam garnisun Fustat kadang-kadang menimbulkan penentangan terhadap kebijakan Muawiyah, memuncak selama masa Maslamah dengan protes luas di Muawiyah perampasan dan penjatahan tanah mahkota di Fayyum untuk putranya Yazid, yang memaksa khalifah untuk membalikkan perintahnya.