Meskipun balas dendam atas pembunuhan Utsman telah menjadi dasar di mana Muawiyah mengklaim hak kekhalifahan, dia tidak meniru pemberdayaan Utsman terhadap klan Umayyah atau menggunakannya untuk menegaskan kekuasaannya sendiri. Dengan pengecualian kecil, anggota klan tidak diangkat ke provinsi kaya atau istana khalifah, Muawiyah sebagian besar membatasi pengaruh mereka ke Madinah, ibukota lama Khilafah di mana sebagian besar Bani Umayyah dan wilayah yang lebih luas Bekas aristokrasi Quraisy tetap bermarkas. Hilangnya kekuatan politik membuat Bani Umayyah di Madinah marah terhadap Muawiyah, yang mungkin telah menjadi waspada terhadap ambisi politik cabang Abu al-As yang jauh lebih besar yang pernah dimiliki Utsman di bawah kepemimpinan Marwan bin al-Hakam. Khalifah berusaha melemahkan klan dengan memprovokasi perpecahan internal. Di antara langkah-langkah yang diambil adalah penggantian Marwan dari jabatan gubernur Madinah pada tahun 668 dengan pemimpin Umayyah lainnya, Sa'id bin al-As. Yang terakhir diperintahkan untuk menghancurkan rumah Marwan, tetapi menolak dan ketika Marwan dipulihkan pada tahun 674, dia juga menolak perintah Muawiyah untuk menghancurkan rumah Sa'id. Muawiyah memecat Marwan sekali lagi pada tahun 678, menggantikannya dengan keponakannya sendiri, al-Walid bin Utbah. Selain klannya sendiri, hubungan Muawiyah dengan Bani Hasyim (klan Muhammad dan Khalifah Ali), keluarga sahabat terdekat Muhammad, Bani Makhzum yang dulu terkenal, dan Ansar umumnya ditandai dengan kecurigaan atau permusuhan langsung.
Meskipun pindah ke Damaskus, Muawiyah tetap menyukai tanah kelahirannya dan mengungkapkan kerinduannya akan "musim semi di Jeddah, musim panas di Ta'if, dan musim dingin di Mekkah". Dia membeli beberapa traktat besar di seluruh Arabia dan menginvestasikan sejumlah besar uang untuk mengembangkan tanah untuk penggunaan pertanian. Menurut tradisi sastra Muslim, di dataran Arafat dan lembah tandus Mekkah dia menggali banyak sumur dan kanal, membangun bendungan dan tanggul untuk melindungi tanah dari banjir musiman, dan membangun air mancur dan waduk. Usahanya melihat ladang gandum yang luas dan kebun kurma bermunculan di pinggiran kota Mekkah, yang tetap dalam keadaan ini sampai memburuk selama era Abbasiyah yang dimulai pada 750. Di wilayah Yamama di Arabia tengah, Muawiyah menyita tanah Hadarim dari Bani Hanifah, di mana ia mempekerjakan 4.000 budak, kemungkinan untuk mengolah ladangnya. Khalifah memperoleh kepemilikan perkebunan di dan dekat Ta'if yang bersama dengan tanah saudara-saudaranya Anbasa dan Utbah, membentuk sekelompok besar properti.
Salah satu prasasti Arab paling awal yang diketahui dari masa pemerintahan Muawiyah ditemukan di bendungan konservasi tanah yang disebut Sayisad, 32 kilometer (20 mil) timur Ta'if, yang memuji Muawiyah atas pembangunan bendungan pada tahun 677 atau 678 dan memohon kepada Tuhan memberinya kemenangan dan kekuatan. Muawiyah juga dianggap sebagai pelindung bendungan kedua yang disebut al-Khanaq 15 kilometer (9,3 mi) timur Madinah, menurut sebuah prasasti yang ditemukan di situs tersebut. Ini mungkin bendungan antara Madinah dan tambang emas suku Bani Sulaim yang dikaitkan dengan Muawiyah oleh sejarawan al-Harbi (w. 898) dan al-Samhudi (w. 1533).