Walau tulisan Yohanes Diakon menyebut bahwa Gregorius "bekerja keras untuk perbaikan Italia", tidak ditemukan bukti bahwa masa jabatannya itu berhasil meraih tujuan-tujuan yang diharapkan oleh Paus Pelagius II.
Sengketa teologi Gregorius dengan Patriark Eutychius meninggalkan "rasa pahit untuk spekulasi teologis dari Timur" pada diri Gregorius yang akan bertali-tali mempengaruhi dirinya bahkan ketika ia telah dijadikan paus sekalipun.
Menurut sumber-sumber Barat, saling berargumentasi buka Gregorius dengan pengikut Eutychius berpuncak pada argumentasi di hadapan Kaisar Tiberius II di mana Gregorius mengutip suatu ayat Alkitab("Palpate et videte, quia spiritus carnem et ossa non habet, sicut me videtis habere") untuk mendukung pandangan bahwa Kristus adalah tetap bertubuh dan nyata setelah kebangkitan-Nya; diduga untuk kesudahan suatu peristiwa dari perdebatan ini, Tiberius II memerintahkan tulisan Eutychius dibakar.
