El principio del templo era una pequeña yarda cerrada con dos árboles cortados en las dos paredes de la yarda. A la derecha, junto a un árbol, había unas enredaderas. Al frente estaba una puerta. Link se dirigió a ella pero dos Wolfos aparecieron y empezaron a atacar a Link, el cual rápidamente sacó la Espada Maestra y los eliminó. Antes de seguir por la puerta le llamó la atención las enredaderas, así que subió por ellas y llegó hasta donde estaba cortado el primer árbol. En un rincón de las enredaderas había una Skulltula dorada, así que Link decidió usar el Gancho contra ella para matarla y de nuevo para tomar el sello dorado.
Los dos árboles estaban conectados por dos únicas ramas que tenía, de modo que Link saltó hacia el otro árbol porque había visto un cofre. Lo abrió y descubrió una Llave Pequeña, aunque no sabía qué abriría. Bajó hasta la puerta y accedió a un pasillo donde, al centro, había una Skulltula. Hace tiempo que Link no veía una, hasta se le olvidó que debía esperar a que se diera la vuelta para atacarla en la panza. Una vez muerta, siguió por la puerta del final.
La siguiente sala era bastante grande y estaba muy oscura. Al centro se veía un cuadro en el piso con alfombra alrededor. En las cuatro esquinas había antorchas con fuegos de diferentes colores: rojo, azul, verde y morado. Al centro del cuadro había un espacio como de cabina telefónica. Link se acercó y vio que los fuegos desaparecían y en su lugar aparecieron cuatro fantasmas de los respectivos colores sosteniendo una antorcha más pequeña. Los fuegos pasaron a ser propiedad de ellos y, mientras éstos hacían como que bailaban, el espacio de cabina se fue bajando hasta quedar tapado por el suelo; después los fantasmas se fueron en distintas direcciones.
Entonces Link se acordó del Viento de Farore que la Gran Hada de la Magia le había dado. Y como sólo se podía usar en las mazmorras, decidió usarlo ahí. Un destello verde apareció y se quedó flotando en la puerta por la que Link entró. Éste no sabía para qué servía, pero decidió descubrirlo después.
La habitación tenía seis puertas. Por la que había entrado, otra al lado opuesto (sur y norte respectivamente), y las otras al oeste, noroeste, noreste y este. Los fantasmas se habían ido en éstas últimas y Link no sabía por cuál ir, de modo que siguió hasta la puerta del norte, ya buscaría después a los fantasmas. Llegó a otro pasillo parecido al pasado y en éste había una calavera llamada Bubble envuelta en un fuego azul que se acercó para atacar a Link, el cual se protegió rápidamente con el escudo, haciendo que el Bubble chocara con él y su fuego azul desapareciera. Link entonces le dio un gran espadazo y acabó con ella. Siguió por la puerta del final.
La puerta se cerró con barrotes tras entrar y llegó a una habitación circular, de la cual salieron del suelo unos esqueletos armados muy tenebrosos llamados Stalfos. Link se acordó de los Lizalfos de la Cueva de los Dodongos, pero al parecer estos eran más fuertes. Teniendo cuidado de no perecer ante sus ataques, los eliminó. Entonces apareció un cofre con otra Llave Pequeña. Al fondo de la habitación había unos jarrones que Link rompió y en los cuales encontró un corazón para rellenar salud y un hada, diferente a Navi. Era más pequeña y rosa (Navi era azul) y, al parecer, actuaba de manera similar a las Grandes Hadas, le rellenaban totalmente su salud. Como ya no había camino, Link salió a la habitación principal (la de las antorchas y varios caminos).
Seguía sin saber a dónde ir, de modo que eligió uno al azar y decidió ir al noroeste. Éste y el del noreste eran pasillos que terminaban en puertas, aunque el noroeste tenía un bloque con el símbolo del Portal del Tiempo. Link ya sabía qué hacer: tocó la Canción del Tiempo y, al hacerlo, el bloque desapareció. Link accedió por la puerta detrás de éste.
Llegó a un jardín y lo primero que vio fue una Baba Deku gigante. No tuvo problemas para matarla. En el jardín, enfrente había un pequeño arroyo que cortaba una parte minúscula del jardín del resto y en el cual había un Octorok. Link lo eliminó con el Escudo Hyliano y recorrió el jardín. Por supuesto había un puente para cruzar al jardín minúsculo, encima del cual se alzaba una plataforma sostenida por pilares, pero que se veía imposible de llegar. A la derecha del jardín según la entrada había unas enredaderas pegadas a la pared y a la izquierda había un pozo pegado a una pared en la cual también había enredaderas para llegar a una repisa superior. Link fue por ésta última, pero no había nada y vio que el pozo estaba lleno de agua.
Como ya había elegido ese camino, decidió ir por las enredaderas de la derecha, pero se topó con que había tres Skullwalltulas pegadas a ellas. Decidió eliminarlas con el Gancho, pero la que estaba más arriba no la alcanzaba, de modo que subió las enredaderas y la esquivó. Llegó a un hueco en la pared en la cual había una puerta. La abrió y ésta se cerró tras él con barrotes. Llegó a una habitación rectangular y en la que había otro Bubble azul. Lo eliminó como el anterior y los barrotes que había en las dos puertas se quitaron. También apareció un cofre que Link abrió y que contenía un mapa correspondiente al Templo del Bosque.
Salió por la puerta opuesta a la que entró y llegó a un balcón en el que había una Baba Deku normal. La eliminó y se asomó por el balcón. A la izquierda, a la misma altura y pegado a otra pared había otro balcón y en el cual estaba un interruptor rojo. Abajo había un jardín similar al pasado, pero de momento se concentró en el interruptor. Junto a su balcón y al otro había enredaderas, de modo que subió al borde del balcón y con el Gancho se enganchó a las enredaderas, eliminando antes a una Skullwalltula, y llegó sano y salvo al otro balcón. Se preguntó si éste interruptor tendría un efecto diferente de los amarillos y azules. Lo accionó y oyó un sonido de agua que bajaba.
Entonces sintió mucha curiosidad y, con todo y miedo, saltó hacia el jardín. Pensó que se dislocaría las piernas o algo así, pero para su buena suerte cayó en el arroyo del jardín y no se hizo daño. Eliminó a la gran Baba Deku, al Octorok y a la Skulltula dorada que había allí e investigó de dónde provenía el sonido del agua que había causado el interruptor. Vio un pozo parecido al del otro jardín, sólo que éste no estaba unido a una pared y no tenía enredadera, pero sí una escalera de mano y no tenía agua. Entonces supo que de ahí había venido el ruido. Después vio el mapa y miró que los dos pozos y sus respectivos jardines se conectaban.
Bajó el pozo por la escalera de mano y llegó a un pasillo oscuro que parecía drenaje. Como parecía que no había nada importante allí, decidió ir hasta el otro lado del pozo, donde encontró otro cofre con una Llave Pequeña. No sabía para qué las necesitaba, pero ya tenía tres. Subió por la enredadera del otro pozo y llegó al primer jardín. De ahí se dirigió a la habitación principal. Vio que la puerta del noreste estaba cerrada con barrotes y encima de donde comenzaba su pasillo había un ojo, pero no podía lanzarle nada (Navi dijo que Link no podía usar objetos de su niñez y entre esos estaba la Resortera y tanto que la quería), y de todos modos esa puerta daba al segundo jardín y allí no había nada importante.
Link vio que las puertas oeste y este estaban en una repisa superior, pero por ésta última no se podía acceder, de modo que optó por ir por la del oeste. Su puerta tenía cerradura, así que usó una Llave Pequeña y vio que se abría. Llegó a un pasillo donde había una Skulltula, esperó a que se diera la vuelta, la eliminó y continuó por la puerta del final. Lo primero que vio en la siguiente sala fue otro Bubble azul, lo eliminó y se fijó bien en la sala. Era muy grande, aunque no tanto como la principal. A la derecha había una puerta en un hueco en la pared pero más arriba y a la izquierda un pequeño callejón sin salida en el que no había nada. Link se dirigió al frente hacia unas repisas superiores que daban un pequeño giro a la derecha y de nuevo a la izquierda y seguían al fondo.
Al final no había nada, pero a la izquierda, en la pared se abría un pasillo que después se hacía más grande y había flechas amarillas pintadas en el suelo. El pasillo seguía de frente y a la izquierda, pero por éste había un bloque azul que no lo dejaba pasar, pues abarcaba todo el pasillo. Link salió del pasillo por enfrente y vio que se volvía a dividir. A la derecha había un hueco en el suelo y más arriba una repisa superior que se veía difícil de llegar, de modo que siguió por la izquierda. Llegó a otro pasillo pequeño y cuando salió se dio cuenta de que estaba arriba de donde estaba el callejón sin salida y desde veía la puerta por la que entró a la sala y la puerta a la que no podía llegar.
Siguió su camino por la izquierda y llegó a otro pasillo y vio de nuevo el bloque azul. Lo empujó hasta cierto punto, recordando las flechas del suelo, (que por cierto apuntaban al hueco en el suelo que había visto antes). Después volvió a empujar el bloque hasta donde se dividía el camino para acceder al hueco, pero tuvo que regresar sobre sus pasos, donde vio entonces que a la derecha del bloque había una escalera de mano escondida, pero primero fue al bloque para finalmente empujarlo hacia el hueco.
Subió hacia él y de ahí a la repisa. A la derecha se abría otro pasillo y había otra vez flechas pintadas en el suelo y, al fondo, otro hueco. A la izquierda se abría otro pasillo con un bloque rojo. Entonces Link entendió. Bajó y subió por la escalera de mano escondida y llegó a un pasillo. Salió y el camino se dividía en dos: a la izquierda se veía el camino donde no había nada y que a la izquierda estaba el pasillo para llegar al bloque azul; y a la derecha pegado a la pared había otro pasillo por el cual se veía el bloque rojo, y al fondo unos tubos conectados con cuerda para evitar que la gente se cayese. Link fue hacia allí y a la derecha, un poco más arriba vio un ojo encima de una repisa, pero de momento no le podía hacer nada. Miró hacia abajo y sólo vio la puerta por la que entró.
Entonces Link se dirigió al pasillo del bloque rojo y lo empujó hasta el final. Después regresó a donde estaba el bloque azul en el hueco y subió a la repisa. Ahora el bloque rojo estaba en el pasillo y, como al final estaba el hueco, Link lo volvió a empujar hasta el final. Una vez concluido todo esto, Link subió a la repisa después del bloque rojo y a la izquierda vio hacia abajo y miró los tubos conectados con cuerdas y más abajo, la puerta por la que había entrado y el hueco en la pared de la derecha por donde sabía que estaba la otra puerta. Siguió por la derecha y volvió a girar a la derecha. Vio una escalera de mano por la que subió y torció una vez más a la derecha para llegar a un cuarto donde había dos Bubbles azules. Los eliminó y vio que al final había una puerta con cerradura y encima de ella un ojo. Usó otra Llave Pequeña para la cerradura (sólo le quedaba una) y entró por la puerta.
Llegó a un pasillo que a primera vista le causó mareo y, mientras caminaba, sentía que se iba a caer, pero por alguna extraña razón no fue así y siguió hasta el final. Llegó a una habitación sin puerta al principio con varias plataformas, algunas de las cuales tenían escaleras de mano y estaban torcidas. Link bajó al nivel inferior que había para ver si no había nada importante, pero Navi le advirtió sobre sombras de monstruos que caían del techo. Link miró al suelo y vio que la sombra de una mano se venía sobre él. Se lanzó a un lado y vio que una mano diabólica llamada Wallmaster lo iba a agarrar, pero afortunadamente la esquivó y logró matarla antes de que huyera. Subió de nuevo a las plataformas y vio que, pegado a la pared derecha, estaba un cofre diferente a los demás. Éste estaba decorado. También había un hueco con una puerta con cerradura al fondo.
Link se dirigió a ella y la abrió. Ya no tenía llaves, pero no se preocupó por eso. Llegó a una sala rectangular con escaleras y, enfrente de éstas, un cuadro con el retrato del fantasma rojo. Link se acercó y el fantasma desapareció. Después miró las escaleras y, abajo, enfrente de éstas había otro retrato del fantasma. Link de nuevo se acercó y de nuevo el fantasma desapareció. Las escaleras continuaban a la izquierda, más abajo y, pegado a la pared que sostenía el suelo de arriba, estaba otro retrato. Link ya ni siquiera le puso atención y continuó hacia la habitación de abajo. Sólo había una puerta con alfombra y una antorcha a un lado. Link entró por la puerta, la cual se cerró con barrotes.
Llegó a una habitación circular con un gran agujero en el suelo y de pronto apareció un Stalfos que lo empezó a atacar. Por alguna razón, el Stalfos podía caminar por el agujero, pero Link no se atrevió a hacer lo mismo. Cuando lo derrotó, una plataforma cayó del techo y tapó el agujero y entonces aparecieron otros dos Stalfos. Link derrotó a uno, pero sus huesos no desaparecían como los otros Stalfos. Se enfrentó al otro y, como se tardó mucho en derrotarlo, el primer Stalfos revivió. Link tuvo que actuar más rápido, pero por fin los derrotó. Entonces apareció un cofre al centro. Lo abrió y contenía el Arco de las Hadas con treinta flechas integradas.
En parte le recordó al Búmeran y a la Resortera, los cuales ya no podía usar, pero entonces se le ocurrió una idea buenísima. Regresó a la habitación con varios retratos del fantasma rojo y vio que dos de ellos estaban en negro. Se fijó en el que estaba el fantasma y le lanzó una flecha. De pronto el retrato y el cuadro desparecieron. El fantasma volvió a aparecer en otro cuadro y Link le lanzó otra flecha a ése y también al último, del cual salió el fantasma y se dirigió al cuarto con la puerta y la antorcha y empezó a atacar a Link. Navi le dijo que no era "el" fantasma, sino "la" fantasma, y que se llamaba Joelle.
Joelle atacaba a Link de manera extraña, se desaparecía y sólo atacaba con la pequeña antorcha que tenía. Link esperó hasta que apareciera y aprovechaba para atacarla también con la espada. Hizo el mismo proceso unas tres veces y entonces Joelle se desintegró y el fuego de su antorcha pasó a ser de la que estaba junto a la puerta. También apareció un cofre con otra Llave Pequeña. Link la tomó y recordó haber visto otra puerta en la sala del Arco, de modo que volvió allí y vio que así era, de modo que siguió por ella.
Llegó a una habitación parecida a la de Joelle, sólo que ahora la alfombra era azul y, obviamente, los retratos en las paredes eran del fantasma azul. Repitió el mismo proceso que con Joelle y Navi dijo que ésta también era hembra, que de hecho todas lo eran y que eran hermanas. Se llamaba Beth. Cuando Link acabó con ella, el fuego azul pasó a ser de la antorcha que estaba junto a la puerta y apareció un cofre con la Brújula. Link subió las escaleras y vio una puerta con cerradura. Usó la Llave Pequeña y entró.
Accedió a otra habitación que también tenía plataformas pegadas a las paredes y, cuando Link bajó al nivel inferior que había, otra Wallmaster lo atacó, pero por fortuna, Link la eliminó. Había varios huecos en las paredes y en el suelo, pero no había nada en ellos, de modo que Link se dirigió hacia el pasillo que se abría a la derecha, sin puerta. El pasillo se parecía al torcido que Link había visto antes, sólo que éste estaba normal. Había unos Bubbles, esta vez con fuego verde que no parecían querer atacar a Link, de modo que éste los mató fácilmente. Vio que la puerta del final tenía cerradura y como ya no tenía llaves, pensó en qué podría hacer ahora. Recordó entonces los ojos que hasta el momento había visto. El de la habitación principal no, porque dirigía al segundo jardín, pero los que estaban en la sala de varios pasillos y los bloques tal vez lo ayudarían, así que se dirigió hacia ellos.
Gracias al mapa no se perdió y pudo llegar. Fue primero al que había junto a los tubos conectados con cuerdas, pero al lanzarle la flecha sólo apareció un cofre con un haz de flechas. Un poco frustrado, regresó al otro ojo y también le lanzó una flecha. Entonces se oyó un estruendo y Link entró por la puerta del pasillo torcido, el cual, para su sorpresa, se puso recto. Ante esto, la sala de las plataformas ahora era diferente. En el suelo había un agujero y el cofre decorado que había visto antes ya lo podía abrir. Dentro del cofre encontró una llave más grande, de color amarillo y con una calavera rosa en la empuñadura.
Link no le prestó mucha atención a eso y se lanzó por el agujero sin pensar. Llegó a una habitación cuadrada con un pasillo que terminaba en una puerta con barrotes. Ahí había dos Bubbles azules (éstos sí atacaban a Link), pero los derrotó. Entonces la puerta se abrió y Link salió al primer jardín, pero en una repisa superior a modo de balcón. De hecho desde ahí podía llegar a la repisa que sostenían los pilares y poder matar a una Skulltula dorada. La repisa superior tenía varios espacios en la pared, pero al final y en el último espacio había puertas. Link entró por la del final pero llegó a la habitación de los bloques azul y rojo en la puerta a la que no podía acceder en la pared de la derecha.
Una vez resuelto ese problemilla, Link entró por la puerta del último espacio de la repisa superior del primer jardín. Llegó a una habitación cuadrada que la Brújula marcaba que tenía un cofre. Dentro había una Wallmaster, como si lo estuviera esperando. Entonces se puso se color verde y flotó hasta Link, el cual se protegió con el escudo. La Wallmaster chocó contra el escudo y brincó hacia atrás. Link aprovechó su distracción para atacarla. Entonces la Wallmaster se encogió, convirtiéndose en tres manos más pequeñas llamadas Floormaster. Una vez hecho eso, los barrotes de la puerta se quitaron y apareció el cofre que la Brújula marcaba y dentro del cual había una Llave Pequeña.
Entonces, como ya tenía una llave, decidió regresar al pasillo con la puerta con cerradura. Tuvo que recorrer de nuevo la sala de los bloques azul y rojo, torcer de nuevo el pasillo que conectaba esa sala y pasar por las habitaciones de Joelle, Beth y el Arco, pero finalmente llegó. La siguiente sala era cuadrada y tenía varias cosas: en el suelo un agujero con un gas rojo extraño que Link no quiso saber qué era. Varios pilares moviéndose alrededor del gas y picos entre los pilares. Y además otros dos pilares, sobre el que estaba Link y otro en la pared derecha con un ojo encima con hielo alrededor. Al centro del agujero (y de la sala) había otro pilar con una antorcha encendida. Entonces a Link se le ocurrió una idea: saltó a un pilar y esperó a que se pusiera detrás de la antorcha para así dispararle una flecha hacia el ojo, derretir el hielo y cerrar el primero. Así lo hizo y se escuchó un nuevo estruendo.
Sin embargo, Link ya sabía de qué se trataba y lo corroboró cuando salió al pasillo (la sala cuadrada no tenía más puertas) y vio que éste estaba torcido. Lo recorrió hasta el cuarto con varias plataformas y vio que, como en el otro, todo era diferente. Ahora había un agujero en el suelo y, sin más, se lanzó. Llegó a una habitación que tenía el suelo como un tablero de ajedrez y a la derecha había un pasillo que al final tenía una puerta. Link miró el mapa y vio que ése pasillo conectaba al segundo jardín, por lo que no quiso ir por él.
La habitación estaba bastante larga y cuando Link quiso empezar a caminar el techo se desplomó, mostrando que tenía varios agujeros. Link se sobresaltó y aún más cuando el techo por sí solo volvía a arriba. Trató de aprenderse los agujeros en los que no había nada. En algunos había Skulltulas, en otro había un interruptor amarillo y en otro un cofre con un haz de flechas. Link accionó el interruptor y vio que los barrotes de la puerta que estaba al final se quitaban. Teniendo cuidado del techo, Link siguió por esa puerta.
Llegó a una habitación cuadrada que tenía a la derecha una puerta con barrotes y una antorcha apagada; a la izquierda un retrato de la fantasma verde; y arriba, flotando en el aire, cinco bloques. Link lanzó una flecha al retrato y los cinco bloques cayeron. Un golpeteo se escuchó y se siguió escuchando, cosa que hizo a Link suponer que era un cronómetro y debía ordenar los bloques, cuatro de los cuales pertenecían a la fantasma verde y uno a la azul. Primero retiró el azul y después se dedicó a ordenar los demás. Cuando lo hubo hecho, la fantasma verde apareció y empezó a atacar a Link. Navi dijo que se llamaba Amy. Link repitió el mismo proceso que con Joelle y Beth y así el fuego verde pasó a ser de la antorcha y los barrotes de la puerta se quitaron.
Entró por la puerta y llegó a un pasillo donde encontró a una Skulltula. La eliminó y continuó por la puerta del final. Llegó a la habitación principal y vio que al centro de la habitación estaba la fantasma morada como queriendo sacar algo del espacio de cabina. Como Link estaba en la puerta del este por la que no se podía acceder, tuvo que saltar hacia el cuadro del centro. Ahí, la fantasma sacó su antorcha con el fuego morado del suelo y se empezó a divir en cuatro copias idénticas. Link se pasmó ante eso, pero Navi le dijo que no se preocupara, pues sólo había que adivinar cuál de ellas era la correcta y darle un flechazo.
Esa fantasma se llamaba Meg y no fue tan difícil saber cuál era la correcta, porque de vez en cuando una de las cuatro daba vueltas, cosa que hacía que Link, por reflejo, le tirara un flechazo, dándole a la correcta. Tras unos cinco flechazos, Link vio cómo el fuego morado volvía a su estatua y el espacio de cabina salía del suelo. Antes de meterse, vio al destello del Viento de Farore y decidió usarlo. Link sintió que se desaparecía y volvía aparecer delante de la puerta de la que había llegado allí por primera vez y así entendió cómo se usaba el Viento de Farore.
Una vez concluidas y resultas todas las labores, por el momento, del templo, Link entró por espacio de cabina telefónica y éste lo bajó hasta una habitación circular con varias protuberancias en las paredes y alfombras de diversos colores en el suelo: al centro había una roja, hacia el norte y sur una azul, y al oeste y este una morada. Link vio que en el norte y en el sur había espacios por los cuales seguir, pero tenían barrotes. Al norte se veía una puerta y al sur un interruptor amarillo. Link vio entonces que las protuberancias se podían mover y con ellas, las paredes. Link empujó una protuberancia en sentido contrario a las agujas del reloj y los espacios se movían también. El espacio que estaba en el sur, que pasó a ser del sureste mostraba la pared detrás, pero el que estaba en el norte mostraba un espacio con un interruptor al fondo.
Link lo accionó y oyó un ruido. Volvió a mover las protuberancias y descubrió otro espacio en la alfombra morada con otro interruptor. También lo accionó y oyó otro ruido. Volvió a empujar las protuberancias, pero ésta vez vio un espacio con un cofre, una Skulltula y una Skulltula dorada. Mató a éstas dos últimas, tomó el sello dorado de la última y abrió el cofre, que tenía un haz de flechas. Volvió a empujar las protuberancias y la sala regresó a como estaba antes, sólo que invertida y ahora, en el sur, los barrotes del espacio con el interruptor ya no estaban. Accionó éste último y los barrotes del norte se quitaron.
Link corrió hacia el norte y llegó aun pasillo con retratos en las paredes, pero no les halló forma. Al final había una puerta con cerradura y, como no tenía otra llave, usó la llave amarilla y con una calavera.