Tahun 2020. Ras manusia telah terdesak ke jurang kepunahan setelah munculnya monster pemakan manusia yang disebut Aragami, monster ini memiliki kekebalan terhadap persenjataan konvesional. Mereka merusak dan menghabiskan hampir semua hal tanpa meninggalkan apapun untuk menemukan yang mereka cari, yaitu Kristal Power.
Untuk menghancurkan mereka, suatu unit khusus datang ke kota yang masih tersisa akan kehidupan. Unit khusus itu disebut dengan Undead, dan kota tersebut adalah Jakarta. Undead sendiri membentuk suatu benteng pertahanan untuk melindungi kota tersebut.
Tidak hanya itu, Undead menciptakan dan membangkitkan God Eater yang memiliki kekuatan yang mampu menghancurkan dan mengalahkan Aragami yang diciptakan oleh Dandelion untuk mendapatkan Kristal Power.
Terdapat 9 God Eater yang dikerahkan untuk menjaga kota tersebut dari serangan dan ancaman Dandelion.
God Eater yang pertama Keynal Yusuke. Dia adalah anggota tertua dan juga sebagai pemimpin dari God Eater, memiliki tanda ditangan kirinya berlambang kristal es.
God Eater yang kedua Kenzie Wataru. Dia memiliki tanda ditangan kirinya berlambang gelombang pikiran.
God Eater yang ketiga Vino Tsubaki. Dia memiliki tanda di kedua tangannya, ditangan kiri berlambang burung phoenix dan ditangan kanan berlambang naga. Dan dia dan adik kembarnya terkenal dengan God Eather yang memiliki tanda hewan.
God Eater yang keempat Boby Tsubaki. Dia merupakan kembaran identik dari Vino Tsubaki, dia memiliki tangan ditangan kanannya berlambang kalajengking. Dia terkenal God Eather yang paling dingin diantara kedelapan God Eather lainnya.
God Eater yang kelima Dyo Subaru. Dia memiliki tanda ditangan kirinya berlambang tetesan air.
God Eater yang keenam Mario Kaname. Memiliki tanda ditangan kirinya berlambang jam pasir.
God Eather yang ketujuh Frans Yukihiro. Memiliki tanda ditangan kirinya berlambang matahari.
God Eather yang kedelapan Zinan Tatsuko. Memiliki tanda ditangan kirinya berlambang Unicorn.
God Eater yang kesembilan Erik Natsume, anggota termuda di God Eater. Memiliki tanda ditangan kirinya berlambang pusaran angin.
Mereka bersembilan kini menempati rumah yang besar, yang sudah di tidak tinggali oleh pemilik rumah tersebut selama kerusahan terjadi.
Mereka berjaga dan menjaga satu sama lain setiap waktu. Dan God Eather yang tertua di antara mereka, yaitu Keynal, akan selalu pergi ke laboraturium Undead untuk menemui pencipta mereka.
Pemerintah juga sudah mengenal Undead, karena presiden di kota jakarta sudah mengenal pencipta atau pendiri Undead. Dan bagian pemerintah juga dijaga oleh Undead yang berada dibagian tim khusus.