Fase pertama Bencana Mutasi adalah ledakan tidak teratur di seluruh planet. Itu menandakan pertama kali Sumber Mutasi mengendalikan kekuatannya. Gejala pertama dari fase kedua adalah semua individu yang terinfeksi bertindak bersama-sama. Dibandingkan dengan fase pertama, Sumber Mutasi tidak akan dibatasi dengan mengendalikan individu biasa. Tentara elit tertentu dan Supers yang lebih lemah juga bisa menjadi sasaran kontrolnya. Perubahan yang paling jelas adalah fakta bahwa individu yang terinfeksi tidak lagi bertindak secara acak tetapi bertindak seolah-olah mereka memiliki tujuan.
Perilaku obyektif dari individu yang terinfeksi adalah tanda pertama dari Sumber Mutasi mendapatkan kecerdasan. Dibandingkan dengan kekacauan pada fase pertama, pelarian semua pengungsi adalah karena kendali Sumber Mutasi.
