Bilang isang malikot na hangin na umaagos sa mga kalye ng Tondo, ang amoy ng taglagas ay dumapo sa mga tuyong dahon ng mga puno. Sa mga kahabaan ng mga eskinita, ang mga bata ay naglalaro ng piko habang ang mga matatanda naman ay nagkukwentuhan sa mga tindahan ng kape. Sa gitna ng mga gusali na puno ng misteryo at panganib, naroon si John David, isang binatang naglalakbay patungo sa kanyang ika-18 na kaarawan.
Si John David, isang binatang may mga mata na tila nagtataglay ng mga lihim ng kaluluwa. Sa loob ng kanyang puso, nararamdaman niya ang isang kakaibang pagkabahala, na parang may isang malalim na kahulugan sa kanyang nalalapit na kaarawan. Ang kanyang mga magulang, sina Mang Jun at Aling Lina, ay hindi pa rin makapaniwala na ang kanilang anak ay magiging labingwalong taon na sa darating na ika-24 ng Oktubre.
Ngunit sa kabila ng kasiyahan at pagdiriwang ng mga tao sa kanilang lugar, may isang misteryosong silid na nagpapalibot sa isipan ni John David. Silid Numero 13, ang lugar na itinago ng mga matatanda bilang isang sumpa, ay nagdudulot ng takot sa mga taong nakakarinig ng mga kuwento tungkol dito. Sinasabing ang sinumang pumasok sa silid ay hindi na kailanman lumalabas.
Sa kabilang banda, may isang matandang babae na nagngangalang Aling Belen. Siya ang nagmamay-ari ng isang tindahan ng mga antigo, at ang kanyang mga kuwento ay nagpapalaganap ng takot sa mga taong nakikinig. Ayon sa mga kwento niya, ang Silid Numero 13 ay may kakaibang lakas na humahatak sa mga kaluluwa ng mga taong malapit dito. Ngunit sa kabila ng mga babala, hindi napigilan ni John David ang kanyang pagka-curious.
Sa kanyang paghahanap ng kasagutan, nakilala ni John David ang iba't ibang tao na may kani-kaniyang pananaw at karanasan sa Silid Numero 13. Kasama niya ang isang matandang lalaki na si Tatay Pedro, na siyang nagbabantay sa lugar na iyon sa loob ng maraming taon. Kasama rin niya ang isang babaeng nagngangalang Maria, na may personal na karanasan sa silid na iyon. Sa bawat pananaw at karanasan na kanilang ibinahagi, nadiskubre ni John David ang mga lihim na bumabalot sa misteryosong silid.
Habang lumalalim ang kanyang paghahanap, unti-unti ring nabubunyag ang mga kahindik-hindik na katotohanan tungkol sa Silid Numero 13. Ang mga kaluluwa ng mga taong nawawala ay hindi lamang nahuhuli sa loob ng silid, kundi sila rin ay nagiging alipin ng isang mas malalim na kasamaan. Ang mga ito ay naglalakbay sa mga kalsada ng Tondo, nagpapakalat ng lagim at takot sa mga taong hindi sinasadyang tumapak sa kanilang teritoryo.
Sa pagharap ni John David sa bawat panganib na kanyang hinaharap, natutuklasan niya ang kanyang sariling lakas at tapang. Kasabay ng kanyang mga karanasan, unti-unti rin niyang natutuklasan ang tunay na kahulugan ng kanyang nalalapit na ika-18 na kaarawan.
Sa huling gabi ng Oktubre, sa mismong kaarawan ni John David, nagkaroon ng isang malaking labanan sa pagitan ng mga kaluluwa at ng mga taong may tapang na harapin ang kasamaan. Sa kanyang paglaban, nadiskubre ni John David ang isang lihim na puwersang nag-uugnay sa kanya at sa Silid Numero 13.
Ang Kababalaghan sa Silid Numero 13 ay isang kuwento ng kahalayan at katapangan, na naglalayong ipakita ang lakas ng isang binatang handang harapin ang mga kababalaghan ng mundo. Sa bawat panig ng kuwento, ang mga karanasan ng mga tauhan ay naglalarawan ng kultura at paniniwala ng mga Pilipino, na nagpapakita ng kahalagahan ng pamilya, pagkakaisa, at pananalig sa Diyos sa harap ng mga hamon ng buhay.