Ada sedikit informasi dalam sumber-sumber Muslim awal tentang pemerintahan Muawiyah di Suriah, pusat kekhalifahannya. Dia mendirikan istananya di Damaskus dan memindahkan perbendaharaan khalifah di sana dari Kufah. Ia mengandalkan tentara suku Suriahnya, berjumlah sekitar 100.000 orang, meningkatkan gaji mereka dengan mengorbankan garnisun Irak, juga gabungan sekitar 100.000 tentara. Tunjangan tertinggi dibayarkan berdasarkan warisan kepada 2.000 bangsawan suku Quda'a dan Kinda, komponen inti dari basis dukungannya, yang selanjutnya diberikan hak istimewa untuk berkonsultasi untuk semua keputusan besar dan hak untuk memveto atau mengusulkan langkah-langkah. Masing-masing pemimpin Quda'a dan Kinda, kepala Kalbit yaitu Ibnu Bahdal dan Syrahbil yang berbasis di Homs, membentuk bagian dari lingkaran dalam Suriahnya bersama dengan orang Quraisy Abdurrahman bin Khalid, putra komandan terkemuka Khalid bin Walid, dan Adh-Dahhak bin Qais. Muawiyah dikreditkan oleh sumber Muslim awal untuk mendirikan diwan (departemen pemerintah) untuk korespondensi (rasa'il), kanselir (khatam) dan rute pos (barid). Menurut Ath-Thabari, setelah upaya pembunuhan oleh Khawarij, Burak bin Abdullah terhadap Muawiyah saat dia sedang salat di masjid Damaskus pada tahun 661, Muawiyah mendirikan khalifah haras (pengawal pribadi) dan shurta (pasukan tertentu) dan maqsura (wilayah khusus) di dalam masjid. Perbendaharaan khalifah sebagian besar bergantung pada pendapatan pajak Suriah dan pendapatan dari tanah mahkota yang dia sita di Irak dan Arab. Dia juga menerima seperlima dari rampasan perang yang diperoleh komandannya selama ekspedisi. Di Jazirah, Muawiyah mengatasi masuknya suku, yang mencakup kelompok-kelompok yang didirikan sebelumnya seperti Banu Sulaim, pendatang baru dari konfederasi Mudar dan Rabi'ah dan pengungsi perang saudara dari Kufah dan Basra, dengan memisahkan distrik militer secara administratif Qinnasrin-Jazira dari Homs, menurut sejarawan abad ke-8 Saif bin Umar. Namun, al-Baladhuri mengaitkan perubahan ini dengan penerus Muawiyah, Yazid.
Suriah mempertahankan birokrasi era Bizantium, yang dikelola oleh orang-orang Kristen termasuk kepala administrasi pajak, Sarjun bin Mansur. Yang terakhir telah melayani Muawiyah dalam kapasitas yang sama sebelum mencapai kekhalifahan, dan ayah Sarjun adalah kemungkinan pemegang kantor di bawah Kaisar Heraklius. Muawiyah toleran terhadap mayoritas Kristen asli Suriah. Pada gilirannya, masyarakat umumnya puas dengan pemerintahannya, di mana kondisi mereka setidaknya sama menguntungkannya dengan di bawah Bizantium. Muawiyah berusaha mencetak koinnya sendiri, tetapi mata uang baru itu ditolak oleh orang-orang Suriah karena menghilangkan simbol salib. Satu-satunya pengesahan epigrafik kekuasaan Muawiyah di Suriah, sebuah prasasti Yunani tertanggal 663 ditemukan di mata air panas Hamat Gader dekat Laut Galilea, mengacu pada khalifah sebagai Abdullah Muawiyah, amir al-mu'minin ("Hamba Tuhan Muawiyah, panglima orang beriman"; nama khalifah didahului dengan salib) dan memuji dia karena memulihkan fasilitas mandi era Romawi untuk kepentingan orang sakit. Menurut sejarawan Yizhar Hirschfeld, "Dengan perbuatan ini, khalifah baru berusaha untuk menyenangkan" rakyat Kristennya. Khalifah sering menghabiskan musim dinginnya diistana Sinnabra dekat Laut Galilea. Muawiyah juga dipuji karena memerintahkan restorasi gereja Edessa setelah hancur akibat gempa bumi pada tahun 679. Dia menunjukkan minat yang besar pada Yerusalem. Meskipun bukti arkeologi kurang, ada indikasi dalam sumber-sumber sastra abad pertengahan bahwa masjid yang belum sempurna di Bukit Bait Suci sudah ada sejak masa Muawiyah atau dibangun olehnya.