Hasan meninggal pada tanggal 5 Rabiul Awal 50 H (2 April 670 M). Beberapa sumber awal melaporkan bahwa ia diracun oleh istrinya, Ja'dah binti al-Asy'ats. Menurut Vaglieri, Hasan meninggal karena penyakit jangka panjang, atau karena keracunan. Muawiyah dikatakan telah menyerahkannya dengan janji sejumlah besar uang, serta janji pernikahannya dengan Yazid. Al-Tabari bagaimanapun tidak melaporkan hal ini, yang membuat Madelung percaya bahwa al-Tabari menekannya karena kepedulian terhadap kepercayaan orang-orang biasa. Hasan dikatakan menolak memberi tahu saudaranya Husain nama tersangkanya, karena takut bahwa orang yang salah akan dibunuh sebagai pembalasan. Dia berusia 38 tahun ketika dia menyerahkan kekuasaan kepada Muawiyah, yang saat itu berusia 58 tahun. Perbedaan usia ini, menurut Jafri, menunjukkan kendala serius bagi Muawiyah yang ingin mencalonkan putranya, Yazid, sebagai ahli warisnya. Ini tidak mungkin, tulis Jafri, karena syarat-syarat yang digunakan Hasan untuk turun tahta kepada Muawiyah; dan mengingat perbedaan usia yang sangat jauh, Muawiyah tidak akan menyangka Hasan akan mati secara alami sebelum dia. Oleh karena itu, menurut Jafri, serta Madelung dan Momen, Mu 'awiyah tentu saja akan dicurigai terlibat dalam pembunuhan yang menghilangkan hambatan suksesi putranya Yazid.
Pemakaman jenazah Hasan di dekat jenazah Muhammad, adalah masalah lain yang bisa menyebabkan pertumpahan darah. Hasan telah memerintahkan saudara-saudaranya untuk menguburkannya di dekat kakeknya, tetapi jika mereka takut akan kejahatan, maka mereka harus menguburkannya di pemakaman Baqi. Gubernur Umayyah, Sa'id bin al-Ash, tidak ikut campur, tetapi Marwan bersumpah bahwa dia tidak akan mengizinkan Hasan dimakamkan di dekat Muhammad bersama Abu Bakar dan Umar, sementara Utsman dimakamkan di pemakaman al-Baqi. Bani Hasyim dan Bani Umayyah berada di ambang perkelahian, dengan pendukung mereka mengacungkan senjata mereka. Pada titik ini, Abu Hurairah, yang berada di pihak Bani Hasyim, meskipun sebelumnya telah melayani Muawiyah dalam misi untuk meminta penyerahan para pembunuh Utsman, mencoba berunding dengan Marwan, menceritakan bagaimana Muhammad sangat menghormati Hasan dan Husain. Namun demikian, Marwan, yang merupakan sepupu Utsman, tidak yakin, tetapi Aisyah, sambil duduk di atas bagal memutuskan untuk tidak mengizinkan Hasan dimakamkan di dekat kakeknya, dan berkata tempat pemakaman adalah bagian dari properti yang dia tinggali. Abdullah bin Abbas, mengutuk Aisyah dengan mengatakan "Kejahatan apa yang kamu lakukan, satu hari pada bagal dan satu hari pada unta!" mengacu pada dia duduk di atas unta dalam perang melawan ayah Hasan di Pertempuran Jamal. Penolakannya untuk mengizinkan Hasan dimakamkan di sebelah kakeknya, meskipun mengizinkan ayahnya, Abu Bakar, dan Umar akan dimakamkan di sana, menyinggung pendukung Ali.
Kemudian Muhammad bin al-Hanafiyah mengingatkan Husain bahwa Hasan membuat syarat dengan mengatakan "kecuali jika Anda takut kejahatan." Jenazah kemudian dibawa ke pemakaman al-Baqi. Marwan bergabung dengan pembawa, dan, ketika ditanya tentang hal itu, mengatakan bahwa dia memberikan rasa hormatnya kepada seorang pria "yang [kesabarannya] menimbang gunung." Husain memimpin doa pemakaman. Makam Hasan kemudian diubah menjadi tempat suci dan sebuah kubah dibangun di atasnya. Kemudian, dihancurkan oleh Wahabi dua kali; sekali pada tahun 1806 dan waktu lainnya pada tahun 1927.