Wafatnya Utsman bin Affan RA merupakan salah satu peristiwa tragis dalam sejarah. Abdurrahman at-Tamimi dalam bukunya berjudul Utsman bin Affan Khalifah Yang Terzhalimi menjabarkan kronologis kematian beliau.
Pada akhir hari pengepungan, yaitu hari terbunuhnya Utsman, beliau tidur kemudian pagi harinya mengatakan. "Biarlah mereka itu membunuhku." Lalu beliau juga berkata, "Aku melihat Nabi SAW dalam mimpi, bersama Abu Bakar dan Umar."
Nabi SAW bersabda, "Wahai Utsman, berbukalah bersama kami." Pada pagi harinya beliaupun berpuasa dan pada hari itu pula beliau terbunuh.
Pengepungan berlanjut hingga pagi hari Jumat, yang bertepatan dengan 12 Dzulhijjah 35 H. Pada waktu itu Utsman sedang duduk di rumahnya bersama para sahabat yang berjumlah banyak sekali. Mereka yang ingin membela dan melindungi beliau dari kebengisan para pendemo tersebut.
Utsman telah memeritahkan mereka untuk keluar dari rumah dan melarang mereka untuk membelanya, namun mereka tetap berkeinginan membela beliau, seperti yang telah disebutkan.
Terakhir kali, beliau dapat menjadikan mereka menerima perintah beliau, hingga mereka semua keluar dari rumah dan membiarkan beliau sendiri dengan para pendemo itu. Tidak ada yang tersisa dirumah melainkan Utsman dan keluarganya saja. Tidak ada lagi seorang pun yang menjaga Utsman. Lalu beliau membuka pintu rumah. (HR Ibnu Sa'ad dalam Ath-Thobaqaat 3/70-75)
Pada saat itu beliau sedang berpuasa, lalu tiba-tiba masuk seseorang yang tidak disebutkan namanya. Ketika dia melihat beliau berkata:
"Antara aku dan engkau adalah kitabullah," kemudian dia keluar dan meninggalkan Utsman. Tidak berselang lama, masuk seseorang dari Bani Sadus yang dijuluki sebagai al-Maut al-Aswad (Kematian hitam), lalu dia mencekik beliau dan cekikannya seperti tebasan pedang.
Dia berkata, "Demi Allah, aku tidak pernah melihat sesuatu yang lebih lembut dari lehernya. Aku telah mencekiknya, hingga aku melihat nafasnya seperti jin yang mengalir di tubuhnya." (HR Kholifah dalam at-Tarikh 174-175 dari riwayat Abu Sa'id dengan sanad yang sahih atau hasan.)
Kemudian dia menebaskan pedangnya kepada beliau, dan Utsman pun menangkisnya dengan tangan beliau hingga terputus . Lalu Utsman berkata,"Demi Allah, ini adalah tangan yang pertama kali menuliskan ayat-ayat Alquran." Yang demikian itu, karena beliau termasuk para penulis wahyu (Al-Qur'an) dan beliau termasuk orang pertama yang menulis mushaf dengan didekte langsung oleh Rasulullah SAW.
Beliau terbunuh dan mushaf berada di depan beliau. Darah mengalir dari potongan tangan beliau hingga mengenai mushaf yang berada di depan beliau yang sedang beliau baca. Darah tersebut jatuh pada firman Allah :
"Maka Allah akan memelihara kamu dari mereka. Dan Dialah Yang Mahamendengar lagi Mahamengetahui. [QS.Al-Baqarah : 137]." (HR Khalifah dalam at-Tarikh 175)
Ketika pembunuh Utsman–orangnya hitam telah selesai, dia mengangkat atau membentangkan tangannya didalam rumah, seraya berkata : Akulah pembunuh Na'tsal. (Sanadnya sahih. Na'tsal adalah julukan yang diberikan para pemberontak kepada Utsman RA, karena beliau mirip dengan seorang dari Mesir yang bernama Na'tsal, dan dia panjang jenggotnya).
Ruh beliau yang suci itu pun naik kepada Rabnya dengan penuh keridhaan dan mengadukan kedzaliman para pelakunya. Semoga keridhaan Allah bagi Utsman dan semoga Allah memasukkannya kedalam surga-Nya yang luas bersama Nabi Muhammad SAW serta para sahabat-sahabat beliau. Dan beliau wafat pada jumat pagi 12 Dzulhijjah .