Temuan berupa sebuah bukit kerang di Desa Passo yang terletak di barat daya Danau Tondano menunjukkan keberadaan manusia di daerah Minahasa sejak kira-kira tahun 5000 SM. Kumpulan peninggalan kerang-kerang tersebut selebar 30 meter dan setinggi satu meter. Di sekitar bukit kerang ditemukan sisa-sisa bejana tembikar dan alat-alat yang terbuat dari batu obsidian.
Selain itu, ada teori bahwa kedatangan orang-orang Austronesia ke Minahasa yang awalnya menghuni Taiwan, sebelum bermigrasi dan menempati daerah-daerah di Filipina utara, Filipina selatan, Kalimantan, dan Sulawesi sebelum berpisah menjadi kelompok-kelompok dengan satu menuju barat ke Jawa, Sumatra, dan Malaysia, sementara yang lain bergerak ke timur menuju Oseania ke arah selatan pada akhir milenium ketiga dan kedua SM.
