Di bulan Mei tahun 1811, Daendels dipanggil untuk kembali ke negaranya, Belanda. Untuk melanjutkan masa pemerintahannya di Hindia Belanda, pemerintah Republik Bataaf memanggil Jan Willem Janssen. Janssen ini dikenal sebagai seorang ahli politik berkebangsaan Belanda. Sebelum memerintah di Hindia Belanda, Janssen menjabat sebagai Gubernur Jenderal di Tanjung Harapan yang sekarang menjadi daerah Afrika Selatan di tahun 1802-1806. Tahun 1806, Janssen terpaksa harus keluar dari Tanjung Harapan karena daerah itu sudah ditaklukkan oleh Inggris.Di tahun 1810, Janssen diberi tugas untuk pergi ke wilayah Hindia Belanda untuk menggantikan kepemimpinan Daendels. Ketika itu, Janssen berusaha untuk memperbaiki kondisi Hindia Belanda yang sudah banyak ditaklukan oleh pemerintahan Inggris. Seakan nggak mau kalah, Inggris memerintahkan Thomas Stamford Raffles untuk memimpin pasukan Inggris di tanah Jawa.