Con el paso del tiempo, el público comenzó a entender la historia de la película. Cuando nació la Matrix, había una persona, un hacker, que podía cambiar la Matrix a su voluntad.
En Zion, la última ciudad humana, había algunas personas que habían nacido en Matrix, y todas fueron liberadas por este hacker.
Después de su muerte, el oráculo profetizó que regresaría y sacaría a los humanos de Matrix para recuperar la libertad.
La siguiente trama fue simple. Neo recuperó su fuerza y se familiarizó con los programas en Matrix mientras se fortalecía con él siendo la base.
Obviamente, las reglas en Matrix eran diferentes de las del mundo real. Los agentes podrían tomar prestado cualquier cuerpo humano en la Matrix y tomar pleno uso de las reglas en la Matrix. En Matrix, eran existencias similares a dios.
