Cốt truyện của cả bộ phim cũng dần được sáng tỏ. Lúc cơ thể mẹ được tạo ra, đã xuất hiện một người có thể tùy ý khiến nó thay đổi theo ý chí của anh ta (Hacker).
Ngoài thành trì cuối cùng của nhân loại là Zion, không ít con người sinh ra từ cơ thể mẹ ấy đều được anh ta giải phóng.
Sau khi anh ta chết, từng có lời tiên đoán rằng anh ta sẽ quay lại, đồng thời dẫn con người ra khỏi ma trận, giành lại tự do.
Cốt truyện tiếp theo thực chất rất đơn giản, chỉ có hồi phục, cường hóa, đồng thời làm quen với cách khiến bản thân có thể dựa vào những nền tảng trong ma trận mà trở nên mạnh hơn.
Làm cách nào để sử dụng quy tắc trong ma trận, rõ ràng nơi này khác hoàn toàn với hiện thực. Kẻ chỉ điểm có thể tùy ý mượn thân xác của bất kì ai trong ma trận và biến nó thành của mình, thậm chí còn có thể sử dụng quy tắc trong ma trận một cách hoàn hảo. Trong ma trận, dường như bọn họ có thể sánh ngang được với thần linh.
