Kết thúc giai đoạn đầu tiên của cốt truyện, nhân vật không ngừng phát hiện thêm dấu vết hoạt động hung hăng của Zerg trong quá trình thăm dò, sau đó nghe theo lệnh của chỉ huy tiếp tục điều tra. Nhưng lúc điều tra những địa điểm khả nghi, tiểu đội của nhân vật đột nhiên gặp phải một đám Zerg. Họ hốt hoảng muốn rút lui nhưng cả biển Zerg đã bao vây lấy họ.
Sau khi đội của nhân vật chiến đấu kịch liệt, cuối cùng đã mở ra một lối thoát, hội họp cùng với đội cứu viện đã có mặt từ trước. Thế nhưng đúng vào lúc này một con sá sùng đột nhiên cắn trúng cánh tay trái của nhân vật mà không hề có dấu hiệu báo trước nào, kéo anh ta vào trong lòng đất.
Nhân vật lạc khỏi đội của mình, lúc tỉnh lại, anh ta đã ở trong một hang ổ dưới lòng đất, đây là một trong những hang ổ của Zerg.
Bắt đầu từ lúc này, câu chuyện tiến vào giai đoạn thứ hai.
